あれからSwift師匠の助力も加わり、なんとかこうすればこうなるというのがわかってきました。
元凶は親を拡大縮小で不均一に変更した場合のようです。（入れ子前に）
親のY軸を1/2にして入れ子にすると子はY軸が2倍になっています。（見た目は変わらないですが、プロパティはそうなっている）その状態で回転させると見事にシアー変形します。
またこの変形の度合いは親の変形に依存します。（反比例）
親子の間に均等変形させた例えば球体とかを入れると子だったオブジェクトの数値上の不均一変形は元の1.00,1.00,1.00に戻るので正常に回転します。
というのが今のところの結論です。
8/27）追記…海外での情報を探したらありました。
どうやら周知のバグのようです。
Electric Rain Bulletin Board
で、解決策も私がやっていたのと同じようです。な〜んだ。やっぱり海外のほうが情報は豊富ですね。V4では直っているのかとかはまだ不明です。 もうひとつグループ化していればシアーにはならない事がわかりました。
